Крім того, було припущено, що симбіотичні мікроби виділяють знищують патогени речовини.

Інша теорія стверджує, що порушення внутрішньої мікробної екосистеми якось послаблює нашу імунну чуйність.

«У той час як ці гіпотези не виключають один одного, наша робота підтримує припущення, що мікроби організму тримають в страху патогени, конкуруючи за поживні речовини», говорить Зонненбург.

Коли оборона починає слабшати, як це відбувається незабаром після курсу антибіотиків, мародерство мікроорганізми, такі як сальмонела або Clostridium difficile, можуть встановити свої плацдарми. Як тільки вони досягають достатньої кількості, ці два паразитарних загарбника починають інтервенцію, викликаючи запалення, які заважають відновленню нормальної екосистеми кишечника, і при яких сальмонели і Clostridium difficile процвітають.